Untuk koleksi di museum ini cukup banyak di antaranta koleksi sandi di zaman klasik sebelum masehi yang banyak digunakan oleh kerajaan-kerajaan. Selain itu adapun beberapa koleksi lainnya diantaranya koleksi mesin sandi mekanik, mesin sandi dari luar negeri, bahkan mesin sandi satu-satunya yang dibuat oleh orang Indonesia ada disini.
Untuk diketahui museum ini memiliki dua lantai dan sembilan ruang seperti ruang introduksi, ruang Agresi Militer I, Ruang Agresi Militer II, Ruang Merdeka, Ruang Nusantara, Ruang Edukasi, Ruang Tokoh, dan Ruang Sandi Global. Ruang-ruang ini menyimpan berbagai benda bersejarah mengenai persandian saat masa perang Kemerdekaan.
Lanjutnya, selain cara kerja pemberian informasi menggunakan morse, Setyo juga memperlihatkan benda/alat bersejarah yakni Mesin SR 64 yang dibuat pada tahun 1964 dan merupakan mesin sandi pertama yang dibuat oleh orang Indonesia untuk memberi pesan agar tidak diketahui musuh.
“Selanjutnya ini koleksi museum sandi yang cukup langka, salah satu mesin sandi koleksi asli produksi dalam negeri yaitu SR (Sandi Roebiono Kertopati) 64 menggunakan metode semi elektronik dengan menggunakan pin hil, dan ini masih uji coba di buat sebanyak 64 buah dan tinggal satu mesin sandi ini asli dibuat produksi Indonesia,” ujarnya.
Ia berharap, dengan banyaknya nilai sejarah dan merupakan kawasan cagar budaya. Museum Sandi banyak diminati wisatawan dengan berbagai macam fasilitas publik yang ada, mulai dari pendidikan, fasilitas olahraga, rumah sakit, tempat beribadah, sampai kuliner.
